Priprema se nešto zlokobno, Vrbe nestaju iz Zemlje bajki i kraljica vila moli Silk da potraži vješticu Natu de Cotton za pomoć. Cotton je spremna pomoći svojem starom prijatelju i zajedno krenuti u novu avanturu.
Cotton Fantasy se igra slično kao prethodne igre u seriji. Osim tradicionalnih razina sa side-scrolling mehanikom, igra također sadrži razine poput onih u Panorama Cotton i Rainbow Cotton. Mehanika Jewel Fever iz Reboota je prerađena i predmeti sada padaju iz neprijatelja kad su pogođeni magičnim čarolijama.