Crysis 3 nadovezuje na drugi dio u trenutku kad se u ulozi vojnika nađete u New Yorku u svom odijelu nanosuit. Crysis 3 odvija se pretežno u gradskom okolišenju New Yorka, koji je napadnut izvanzemaljcima i u 2047. izgleda znatno drugačije. Uništenu okolinu prekrivaju raslinje, šume i duboke močvare, grad odavno ne radi i potpuno je zatvoren od strane organizacije Cell Corporation. Svi ljubitelji pucačina doći će na svoje; na raspolaganju će imati tone oružja i tehnologija, kako zemaljskih tako i izvanzemaljskih. Za vizualni dio pobrinut će se nova tehnologija CryENGINE, koja će se iskazati u čak sedam osnovnih vrsta okruženja. Jasno je da se ne radi o običnoj nadogradnji drugog dijela, nego o punokrvnom djelu na koje se možemo radovati.