Daxter je potpuno novi pogled na svijet Jak & Daxter, jer je napokon omogućio igračima da igraju za mudrog pomoćnika.
Daxter nastoji pomaknuti svijet Jak & Daxter u novom smjeru, koji će igračima omogućiti da ga sagledaju iz potpuno drugačije perspektive.
Igra se odvija tijekom dvije godine koje Daxter provede pokušavajući pronaći i osloboditi Jaka, koji je bio zatočen tijekom događaja koji su doveli do početka Jak II.
Daxter je sada prepušten sam sebi, na nepoznatom mjestu, i brzo shvati da mu to što je mali i dlakav ne pomaže preživjeti.
Daxter prihvati posao deratizatora kako bi pomogao ukloniti tajanstveno zaraženje kukcima, i istražuje dijelove Haven Cityja i prikuplja tragove da bi pronašao Jaka