Marvel’s Avengers počinju na Dan A, kada Captain America, Iron Man, Hulk, Black Widow i Thor otkrivaju tehnički napredno središte Osvetnika u San Franciscu — uključujući vlastiti helicarrier pogonjen eksperimentalnim izvorom energije. Proslava se međutim strašno izmakne kontroli kad katastrofična nesreća rezultira ogromnim razaranjem. Krivnja za tu tragediju svaljuje se na Osvetnike, koji se raspadaju. Pet godina kasnije, kada su svi superjunaci proglašeni izvan zakona i svijet je u opasnosti, jedina nada je ponovno okupiti najmoćnije junake na Zemlji.

Marvel’s Avengers donijet će redovita ažuriranja sadržaja i povesti igrače na epsku pustolovinu koja će trajati nekoliko godina. Ova igra predstavlja budućnost marke Avengers.