Metal Gear Solid Portable Ops nas vodi u godinu 1970. Naked Snake, poznat i kao Big Boss, preuzeo je zapovjedništvo specijalne jedinice FOX, koja je međutim vrlo brzo izdala povjerenje svog zapovjednika, izmaknula kontroli i uspostavila središte na zauzetoj vojnoj bazi negdje u južnoameričkoj džungli (poluotok s nježnim nazivom La Peninsula de los Muertos, odnosno poluotok mrtvih). Uz to su članovi jedinice FOX ispred nosa CIA-e preuzeli nekoliko nuklearnih bojevih glava koje namjeravaju poslati prema Sovjetskom Savezu – kako bi potaknuli događaje dosad odvratno hladnog rata u smjeru nešto žešćeg sukoba.