Dvanaest espera s nadljudskim sposobnostima okupljenih na plutajućem brodu od strane tajanstvenog nadnacionalnog entiteta poznatog samo kao The World. Njihova zajednička priča možda je završila, ali njihove vlastite tek počinju.
Prošlost, sadašnjost i budućnost, tri različita režima priče Norn9: Last Era se približavaju, uključujući istraživanje prošlosti likova prije njihovog zajedničkog života na brodu. Igra također prepričava događaje Norn9: Var Commons iz novih perspektiva i priča koje se odvijaju nakon događaja iz prve igre.