Igra za XBOX360 Prototype 2 (Radnet Edition). Glavni junak Alex Mercer nije baš tipični heroj. On je, naime, u New Yorku pustio supervirus koji ga je učinio natprirodno snažnim mutantom, ali većinu stanovnika pretvorio u zarazna čudovišta. Svjetska metropola tako je postala ratna zona u kojoj se vojska pokušava uspostaviti kontrolu.

Alex Mercer je nestao četrnaest mjeseci nakon što su u New Yorku izbijali sukobi. Vojska pokušava obnoviti red i podijelila je grad u tri sigurnosne zone prema razini zaraze. Crvena zona je najgora; ondje i dalje vlada neobuzdani kaos i virus ima prevagu.

James Heller je rođeni Newyorčanin i služio je kao vojnik u Afganistanu i Iraku. Tijekom izbijanja virusa izgubio je kćer i suprugu, pa je pun gnjeva i želje za osvetom. Dobrovoljno se prijavljuje za službu u crvenu zonu. Želi umrijeti i povući sa sobom što više mutanata.

Glavna mutacijska sposobnost Jamesa Hellera temelji se na neobičnim mesnatim pipcima koje ispaljuje i kojima hvata bilo koje objekte, bilo da su to automobili ili neprijatelji. Oni su potom prilično brutalno raskomadani tom neobičnom snagom. Junak ima i ostale sposobnosti slične onima iz prvog dijela.