U dalekoj budućnosti otkriven je psionski hormon u ljudskom mozgu koji ljudima omogućuje psionske moći, što je promijenilo cijeli poznati svijet. Kad je čovječanstvo ušlo u novu eru, pojavili su se mutanti nazvani Others, koji žude za ljudskim mozgom. Mutanti su vrlo otporni na uobičajeno konvencionalno oružje, pa su poduzete posebne mjere za borbu protiv ove dosad neviđene prijetnje koja ugrožava čovječanstvo. Scarlet Nexus je lijepo stilizirana akcijska igra s originalnim borbenim sustavom punim nadnaravnih sposobnosti.
Korištenje psihičko-kinetičkih vještina postalo je najsnažnije oružje diljem svijeta. Podizanje, razbijanje i bacanje dijelova okoline kako biste stvorili snažne napade i kombo poteze jedini su način da pobijedite moćnog neprijatelja.
Izopačeni mutanti koji su sišli s neba, vrlo otporni na konvencionalne napade i obranu, odlučili su poharati svijet. Nalaze se u stalnoj agoniji uzrokovanoj mutacijom i zato traže mozgove živih organizama koji će obuzdati njihovu ludost. U ovom futurističkom Japanu spajaju se inspiracije iz klasičnih animea i zapadnjačkog sci-fi u žanr nazvan Brain Punk.
U igri preuzimate ulogu Yuita Sumeragija iz jedinice Other Suppression Force (OSF). Postupno ćete razvijati svoje psihičko-kinetičke talente, istražiti futuristički grad New Himuka i otkriti tajne Brain Punka budućnosti. Iza priče stoje ljudi koji su stvorili igru Tales of Vesperia, pa se možete radovati kompleksnoj priči punoj hrabrosti, junaštva, ali i međuljudskih odnosa.