Pola stoljeća nakon što su otpor Red Faction i njihovi saveznici oslobodili Marauder Mars od brutalne Earth Defense Force, sklad na Marsu ponovno je ugrožen, ali ovaj put je smrtonosna sila obavijena misterijom.

Kad je uništen masivni Terraformer, koji Marsu isporučuje zrak kao na Zemlji, atmosfera se pretvori u kaos, sa super-tornadima i munjama koje gutaju planetu. Da bi preživjeli, kolonisti moraju pobjeći u podzemne rudnike i izgraditi mrežu stambenih špilja.

Pet godina kasnije, Darius Mason, unuk heroja marsovske revolucije Aleca Masona i Samanye, vodi unosan posao u Bastionu, na raskrižju metroa. Rudarstvo, čišćenje, plaćenički poslovi — ponekad opasan rad; Darius je vaš čovjek. Nekoliko razumnijih ljudi čiji je biznis na površini uništen postaju kupci dobavljača poput Dariusa i krijumčara koji obavljaju trgovinu među naseljima.

Kada Darius ponovnim otvaranjem tajanstvene šahte u starom Marauderovom hramu pokrene događaje, oslobodi se dugo spavajuće zlo i započne Armagedon na Marsu. Kao kolonist otkrit ćete da su Marauderova naselja razderana na komade. Moguće je da samo Darius i Red Faction mogu spasiti čovječanstvo. Bitka će se voditi preko planete obuzete olujama i ispod nje, sve do njenog samog srca.