Pola stoljeća nakon što su otpor Red Faction i njihovi saveznici oslobodili Marauder Mars od brutalne Earth Defense Force, sklad na Marsu ponovno je ugrožen, ali ovaj put smrtonosna sila obavijena je tajnom.
Kad je uništen masivni Terraformer, koji Marsu osigurava zrak kao što je to činio na Zemlji, atmosfera se pretvori u kaos, sa super-tornadima i munjama koje gutaju planetu. Da bi preživjeli, kolonisti moraju pobjeći u podzemne rudnike i izgraditi mrežu stambenih špilja.
Pet godina kasnije, Darius Mason, unuk junaka revolucije na Marsu Aleca Masona i Samanye, vodi unosan biznis iz Bastiona, na raskrižju u metrou. Rudarstvo, čišćenje, posao plaćenog vojnika ponekad je opasan posao — Darius je vaš čovjek. Nekoliko razboritih ljudi čiji su poslovi na površini uništeni postaju kupci dobavljača poput Dariusa i krijumčara koji vode trgovinu među naseljima.
Kad Darius bude uvučen ponovnim otvaranjem tajanstvene šahte u starom Marauderovom hramu, oslobodit će se davno uspavano zlo i pokrenuti Armagedon na Marsu. Kao kolonist otkrit ćete da su naselja Maraudera razderana na komade. Moguće je da samo Darius i Red Faction mogu spasiti čovječanstvo. Bitka će se voditi preko planete razdirane olujama, i ispod nje, sve do samog srca.