Nastavak ninja akcije Shinobido, u kojem je pripremljena sasvim nova priča, mnoštvo akcijskih sekvenci i, naravno, intuitivno upravljanje putem zaslona osjetljivog na dodir. Radnja se odvija pola godine nakon događaja iz prvog dijela, kada u nekada mirno područje Utakata izbije građanski rat. Glavni junak Zen bit će odmah na početku izdan od svojih najbližih, pri čemu će tijekom izdaje biti teško ozlijeđen. Srećom će izbjeći smrt i odluči se kao ninja krenuti tragom onih koji su ga izdali.
Iako igra ne izbjegava klasične akcijske sekvence, prvenstveno se oslanja na ninja stealth sustav, tako da eliminacija iz zasjede ima ključnu ulogu. Uostalom, razvojni tim stoji iza uspješne serije Tenchu, iz koje crpe mnogo inspiracije.