Za razliku od ostalih igara iz serije Shinobido, ova igra se sastoji od različitih scenarija koji prikazuju razne događaje koji utječu na likove i cijelu Utakatu. Iako postoji glavni sukob koji se vrti kroz većinu igre, ponekad se povlači u pozadinu zbog brojnih misija. Nakon događaja iz prethodne igre, Asuka nindže uspješno su obnovile selo Asuka. Priča počinje kada Goh primi pismo od Sadame u kojem piše da je Akame unajmila Kabuta da ukrade njezine dokumente, i da je iznenađena što Kabuto još uvijek živi. Goh se upušta u rezidenciju Akame kako bi ih vratio. Kako ulazimo dublje u igru, Ichijo planira oženiti kćer susjednog feudalnog gospodara, princezu Azami, ali gospodar se slaže samo ako Goh eliminira nindžu Kenobija, koji zastrašuje stanovnike grada. Gospodar prihvaća Ichijovu ponudu tek kada Goh izvrši zadatak. Na dan vjenčanja misteriozni razbojnici napadaju Ichijoa, ali Goh ih zaustavlja, te ga Ichijo šalje da istraži. Goh ubrzo otkriva da su tri samurajska generala izdala Ichijoa, zarobljava jednog od generala i saznaje da je za incident na vjenčanju odgovorna Miroku, svećenica Sadame, a dokumenti koje je dobio od Akame su Sadamovi dnevnici u kojima stoji da je vjera Amuritha samo njezina tvorevina. Goh odlazi u samostan kod Miroku i porazi je, a zatim Goh naglo nestaje. Ujutro Zaji i Kinu traže Goha u samostanu, ali ne pronalaze ništa osim mrtvih tijela.