A TMNT ugyanolyan sötét és veszélyes környezetet használ, mint az Imagi Animation Studios filmje. A játék helyszíne New York City, amelyet elárasztanak a bűnözők és furcsa lények. Miközben a teknőcök e veszély ellen harcolnak, hősként és családként a legnehezebb pillanataikat élik át. Raffaello, Donatello és Michelangelo elveszítik a koncentrációjukat, és nehezen jönnek ki a többiekkel, valamint nehezen tartják meg nindzsafegyelmüket. A játékban Leonardón és a hűséges Splinter mesteren múlik, hogy újra összehozzák a bandát, és megmentsék New Yorkot a minden sarkon leselkedő gonosztól. A játékosok ehhez nagyszerű akrobatikus akciókat, kooperatív harcot és erőteljes harci mozdulatokat használnak.