Radnja igre Valkyria Chronicles 4 odvija se u istom vremenskom razdoblju kao i izvornik Valkyria Chronicles, ali se fokusira na posve nove glavne likove iz Squad E. Zapovjednik Claude Wallace i njegovi prijatelji iz djetinjstva kreću na put borbe za slobodu u ovom očajnom ratu, no između njih i pobjede stoje neprekidne okrutne hladnoće, horde imperijalnih vojnika i božanske snage Valkyrie.