Prošlo je već 20 godina otkako su svjetski vođe dobrovoljno podlegli vladavini izvanzemaljskih sila i XCOM, posljednja obrambena crta čovječanstva, ostavljen je na milost propasti. Svijet se promijenio do neprepoznatljivosti!

Sada Zemljom vladaju izvanzemaljci i brzo se upuštaju u izgradnju blistavih gradova, koji predstavljaju obećanje bolje budućnosti za čovječanstvo. No ništa nije tako savršeno kako se na prvi pogled može činiti - izvanzemaljci imaju tajni, užasan cilj. Oni koji se pokušaju usprotiviti, platit će skupo.

Samo oni koji nastanjuju rubove svijeta mogu se radovati obećanju slobode. Upravo u tim krajevima ljudi nastoje ponovno prikupiti svoju snagu i okupiti vojsku koja će stati u obranu interesa čovječanstva.

Preostaci specijalnih jedinica XCOM moraju pronaći način kako se podići iz pepela i ponovno prikupiti snage, pokušati otkriti strašnu istinu koja se krije iza okupacije i jednom zauvijek eliminirati izvanzemaljsku prijetnju.